Dank der Wissenschaft ist die digitale Singularität angebrochen. Die größte Errungenschaft der Menschheit sind die „Binaries“, empfindungsfähige digitale Lebensformen, die unglaubliche übernatürliche Kräfte besitzen.

In „Binary Smoke“ übernehmen die Spieler die Rolle eines abtrünnigen „Binary“ in einer Stadt voller eigenwilliger Charaktere und gefährlicher Schurken. Mit ihrer Rebellion gegen die herrschende Klasse inspirieren die Spieler zu einer Revolution, die das Schicksal aller verändern wird.