En 2013, le monde est frappé par un évènement apocalyptique majeur qui manque d'anéantir l'humanité et rend la surface de la Terre impropre à la vie. Une poignée de survivants parvient cependant à se réfugier sous les ruines de Moscou et la civilisation bascule alors dans un nouvel âge sombre.

Nous sommes en 2033. Une génération entière a fleuri sous terre où les villes-stations du Métro luttent entre elles pour leur survie, mais doivent aussi faire face aux horreurs mutantes qui rôdent à l'extérieur.

Vous êtes Artyom, né à la surface dans les derniers jours précédant le cataclysme, mais élevé sous terre. Un évènement fatidique vous pousse à quitter pour la première fois la sécurité de votre station pour vous aventurer jusqu'au cœur du Métro, afin d'avertir les derniers survivants de la terrible menace qui pèse sur eux.
Votre périple vous mènera des catacombes oubliées qui s'étendent sous le Métro, jusqu'à la surface dévastée où vos actions détermineront le sort de l'humanité.

Et si la véritable menace venait finalement de l'intérieur ?