Com a narrativa em terceira pessoa, o jogo de terror e sobrevivência é situado 300 anos no futuro. O jogador assume o papel de Jacob Lee, que, por obra do destino, é jogado na Prisão de Ferro Negro, uma penitenciária de segurança máxima localizada em Calisto, a lua de Júpiter. O caos se instaura no local quando os prisioneiros se transformam em criaturas monstruosas. Para sobreviver, Jacob deverá fugir da Prisão de Ferro Negro, eliminando qualquer obstáculo. No caminho, ele descobrirá os segredos obscuros e perturbadores escondidos abaixo da superfície de Calisto.

The Callisto Protocol é uma proposta da nova geração para o gênero de terror e sobrevivência, concebida por Glen Schofield. Combinando atmosfera, tensão e brutalidade com momentos desesperadores e comoventes, os jogadores são imersos em uma história emocionante onde terrores indescritíveis se espreitam em cada lugar.

Situado em Calisto, a Lua Morta de Júpiter, no ano de 2320, The Callisto Protocol coloca os jogadores como Jacob Lee, um detento na Prisão de Ferro Negro. Quando uma epidemia misteriosa instaura o caos na lua, Jacob deve enfrentar seus maiores medos para derrotar criaturas sanguinárias que o perseguem enquanto desvenda os segredos obscuros no centro da grandiosa Companhia Unida de Júpiter.

A jogabilidade impõe o domínio do combate físico e à distância, incluindo uma arma especial de gravidade, uma vez usada pelos guardas da prisão para controlar os presidiários. Os jogadores ficarão frente a frente com oponentes grotescos e terão que arrancar membros, explodir pernas e usar da criatividade com o que tiverem em mãos para sobreviverem a cada encontro decisivo.

Um dos ambientes mais ameaçadores e solitários no universo, Calisto vira peça crucial na tentativa desesperada de Jacob para sobreviver. Os confrontos dos jogadores não se resumem apenas aos terrores da penitenciária, mas aos segredos seculares que corrompem tanto abaixo como acima da superfície da lua de Júpiter, há muito tempo morta.