Sam นาวิกโยธินสหรัฐฯ ที่อยู่ในสถานทูตกรุงมอสโกก่อนเกิดการทิ้งระเบิด ฝันเสมอว่าจะได้กลับดินแดนบ้านเกิด และพบว่าครอบครัวของเขายังมีชีวิตอยู่ แต่ความหวังนั้นดูจะเป็นไปไม่ได้เลยในอุโมงค์มืดของ Metro แต่เมื่อพวกสปาตันพบว่ากรุงมอสโกไม่ได้เป็นเมืองเดียวที่รอดจากสงคราม การยึดมั่นในความหวังจึงไม่ใช่เรื่องที่ดูไร้สาระอีกต่อไป

Sam เดินทางออกจาก Aurora เพื่อหาทางกลับอเมริกา ผ่านท่าเรือในเมือง Vladivostok ที่ถูกสึนามิพัดถล่ม ซากปรักหักพังของโรงงานอุตสาหกรรม และบริเวณที่อยู่อาศัยที่ถูกทำลาย เพื่อบรรลุจุดหมายการเดินทางของเขา Sam พบว่าเขาจะต้องใช้เทคนิคทั้งหมดที่เรียนมาเพื่อเอาตัวรอด เพราะสิ่งรอบตัวเขาดูจะอันตรายกว่าที่คิด

ผู้เล่นจะต้องปูเส้นทางให้กับ Sam ด้วยการเอาตัวรอดแบบไม่รู้จบในภูมิประเทศของเมือง Vladivostok ระหว่างการออกเดินทางครั้งใหม่ผ่านดินแดนรกร้างของรัสเซียในยุคหลังล่มสลาย